Permasalahan GKI Yasmin telah menimbulkan prokontra. Ketua Dewan Pembina YLBHI menyerukan agar Presiden SBY menegakkan hukum dengan menganalogikan kasus dua kulit hitam yang ditangani oleh Presiden John F. Kennedy. Ombudsman Republik Indonesia melaporkan walikota Bogor Diani Budiarto ke Presiden karena tidak melaksanakan rekomendasi larangan beribadah GKI Yasmin. Anggota Komnas HAM mengaitkan dengan HAM, Presiden harus menegakkan hak kebebasan beragama warga.

Masalah hak kebebasan beragama memang merupakan hal yang rumit, karena ada dua sisi yang dipertimbangkan. Hukum dibentuk untuk menjamin keadilan dan ketertiban. HAM individu harus dijamin namun tidak menghilangkan HAM individu yang lain. Sebagai contoh, ketentuan bahwa gubernur Papua adalah orang Papua asli dapat menjamin HAM warga Papua asli untuk memerintah tetapi sekaligus menghilangkan HAM warga non-Papua asli untuk memerintah. Untuk itu, kesediaan berkorban warga non-Papua asli menjadi kata kunci.

Pendirian GKI Yasmin merupakan pelaksanaan hak kebebasan beragama bagi jemaat GKI Yasmin, tetapi sekaligus juga melanggar HAM warga sekitar dalam mendapatkan kenyamanan melaksanakan ibadah. Oleh karenanya,salah satu pihak harus rela mengorbankan HAMnya.

Dilema berat ini ditanggung oleh Pemerintah Kota Bogor. Pemaksaan aturan eksekusi hak GKI Yasmin akan memberikan api dalam sekam bagi Kota Bogor. Meskipun secara hukum pencabutan larangan pendirian gereja GKI Yasmin benar, tetapi secara politis merupakan keputusan yang berpotensi salah. Melihat sikap warga, berdirinya GKI Yasmin secara jangka panjang akan menimbulkan potensi konflik yang justru dapat memberikan peluang yang lebih besar atas pelanggaran HAM di belakang hari. Dalam persoalan ini, penanggung beban adalah Kota Bogor sendiri.

Dilema-dilema sosial seperti inilah yang mengingatkan orang kepada masa orde baru. Soeharto dan kroni-kroninya akan mengambil kebijakan yang menjamin stabilitas polkam dan mengurangi potensi-potensi instabilitas. Reformasi dan HAM terkadang menimbulkan keruwetan-keruwetan yang hasil akhirnya kerugian negara dalam penyelesaian konflik yang terjadi.