Sekretariat Ditjen Perimbangan Keuangan Kementerian Keuangan 4 bagian yakni:

1. Bagian Organisasi dan Tata Laksana
2. Bagian Kepegawaian
3. Bagian Keuangan
4. Bagian Umum

Bagian Organisasi dan Tata Laksana terdiri atas 4 sub bagian, yakni:

1. Subbag Perencanaan
2. Subbag Organisasi
3. Subbag Tata Laksana
4. Subbag Pelaporan

Bagian Kepegawaian terdiri atas 3 sub bagian, yakni:

1. Subbag Mutasi
2. Subbag Pengembangan Pegawai
3. Subbag Umum

Bagian Keuangan terdiri atas 3 sub bagian, yakni:

1. Subbag Penyusunan Anggaran
2. Subbag Perbendaharaan
3. Subbag Akuntansi dan Pelaporan

Bagian Umum terdiri atas 3 sub bagian, yakni:

1. Subbag Tata Usaha
2. Subbag Protokol
3. Subbag Rumah Tangga
4. Subbag Perlengkapan